タンパク質のアミノ酸配列やDNAの塩基配列は一定の確率で突然変異が起こります。種分化が起こるとそれぞれの系統で配列に別々の変異が蓄積していくので、種間の配列の違いは分岐した後の時間を反映していることになります。この性質を利用して生物の系統樹を描いてみます。
National Center for Biotechnology Information (NCBI) のデータベースには様々な生物のタンパク質や遺伝子の情報が登録されていますので、これを利用します。
系統樹作成ソフトのMEGAを使ってNCBIのウェブサイトからアミノ酸配列の情報をダウンロードし、系統樹を描きます。今回は葉緑体の中で光合成に関与するタンパク質Rubiscoの大サブユニットのアミノ酸配列を使って、植物の系統樹を作成しました。
